Die Geschäftsführungsprüfung untersucht die ordnungsgemäße Geschäftsführung, ihr Inhalt ist am umfassendsten in der Genossenschaftsordnung dargelegt. Im Rahmen der Geschäftsführungsprüfung wird untersucht, ob die geprüfte Geschäftsführung den gesetzlichen Bestimmungen entspricht. Die Geschäftsführungsprüfung kann dahingehend erweitert werden, dass sie auch untersucht, ob die Geschäftsführer sich an die Satzung ihres Auftraggebers gehalten haben, dieser Punkt ist besonders bei Vereinen von großer Bedeutung. Die Bewertung der Unternehmenspolitik ist ausdrücklich nicht Aufgabe der Geschäftsführungsprüfung. Für die Prüfung der Geschäftsführung bei öffentlich-rechtlichen und sonstigen kommunalen Unternehmen existieren ebenfalls strenge Vorschriften. Über die durchgeführte Geschäftsführungsprüfung wird ein Prüfprotokoll angefertigt.